Karantæneskadegørere er særligt alvorlige planteskadegørere, der ikke må besiddes, indføres eller spredes i EU. Dette skyldes, at de vurderes at have uacceptabelt store økonomiske, miljømæssige eller sociale konsekvenser mod produktionen af planter, naturen eller landskabet og kulturværdier mv. generelt. Derfor er der anmelde- og udryddelsespligt, hvis disse skadegørere findes i Danmark eller EU, og de må heller ikke findes på planter, der flyttes indenfor eller importeres til EU.
Visse karantæneskadegørere findes ikke i EU, mens andre findes i begrænset omfang i dele af EU, hvor de er under udryddelse. Hvis dette ikke er muligt, skal medlemsstaten som minimum inddæmme skadegøreren, så den ikke spredes yderligere.
Listen over EU-karantæneskadegører er meget lang og i nogle tilfælde listes en hel slægt eller større gruppe af organismer, med mange arter omfattet. I bilag 2 til EU Kommissionens gennemførelsesforordning om beskyttelsesforanstaltninger mod planteskadegørere er der listet over 350 skadegørere eller skadegørergrupper.