Landbrugsstyrelsen består af fire forretningsområder:
- Tilskud & Sagsbehandling besvarer henvendelser fra brugere og varetager opgaver relateret til sagsbehandling, administrativ kontrol, tilskud, jordfordeling, skov- og naturprojekter.
- EU & Landbrug varetager ud over opgaver relateret til regel- og politikudvikling, satellitbaseret kontrol og internet markkort opgaver relateret til forskning, fonde og fondstilsyn.
- Jura & Kvalitet varetager ud over opgaver inden for jura, risikoanalyse, kvalitet, svig, omgåelse og fysiske kontroller også opgaver relateret til beredskab, plantesundhed og biosikkerhed.
- Ressourcer varetager ud over opgaver relateret til økonomi og HR også it-opgaver både i forhold til drift, support, udvikling, analyse og brugerfokus.
Ud over de fire forretningsområder er sekretariatsopgaver og opgaver relateret til revision organiseret under direktørområdet.
Landbrugsstyrelsen beskæftiger ca. 1200 medarbejdere og er en del af Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri som en af tre styrelser under ministeriet.