Landbrugsstyrelsen deltager i møder i rådsarbejdsgruppen i EU. Rådsarbejdsgruppen er det første forberedende organ, som behandler sager fra Kommissionen. Efter rådsarbejdsgruppen gives sager videre til COREPER eller CSA for videre behandling inden forelæggelse for Ministerrådet. Til forskel fra COREPER og CSA, der beskæftiger sig med mere politiske spørgsmål, fokuserer rådsarbejdsgruppen i højere grad på sagernes tekniske karakter. Rådsarbejdsrådsgruppen består derfor af embedsmænd fra alle EU's medlemslande, der er eksperter inden for det specifikke fagområde.
I møder i rådsarbejdsgruppen har Landbrugsstyrelsen ansvaret for, at forhandlingerne gennemføres og behandles politisk. På arbejdsgruppeniveau er indsatsen koncentreret om at få givet udtryk for danske synspunkter og holdninger. Det danske standpunkt i den enkelte sag fastlægges i en national EU-procedure, der bl.a. indebærer høringer af relevante organisationer og myndigheder og en faglig og politisk vurdering af forslaget.
Før Rådet begynder forhandlinger med Europa-Parlamentet om Kommissionens forslag, skal sagen behandles i Folketingets Europaudvalg, hvor Regeringen skal have mandat. Det politiske mandat fås ved, at regeringen forelægger et forslag til dansk holdning til forslaget i Europaudvalget, som udvalget skal godkende. Der er en helt fast procedure herfor, hvor der først udarbejdes et såkaldt rammenotat i fagministerierne. På LBST’s område skriver LBST altid første udkast til rammenotat. Herefter drøftes forslaget i Specialudvalget for Fødevare-, Landbrugs- og Fiskerispørgsmål i EU. Der er normalt et specialudvalg pr. ministerområde. Herefter går sagen til EU-udvalget, der varetager den overordnende koordination af den danske EU-politik på embedsmandsniveau.
EU udvalget består af embedsmænd fra de mest EU-relevante ministerier. Udenrigsministeriet har formandskabet. Herefter kan der blive tale om, at særligt vigtige sager skal behandles i Regeringens Koordinationsudvalg og/eller Økonomiudvalg. Til sidt er sagen klar til at blive forelagt Folketingets Europaudvalg med henblik på at opnå mandat. Desuden gennemgår ministeren Rådsmødedagsordenen i Folketingets Udvalg for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri.