Landbrugsstyrelsen deltager i forberedelser af arbejdet i de overordnede organer som Specialkomiteen for Landbrug (CSA) og COREPER. Organet COREPER (Comité des Représentants Permanents) består af medlemslandenes EU-ambassadører og ledes af repræsentanten for det land, som har EU-formandskabet. COREPER har til opgave at forberede Ministerrådets arbejde og fungerer som et forhandlingsforum, hvor EU-ambassadørerne drøfter forslagene. Herudover fungerer COREPER som politisk kontrolorgan med styring og overvågning af ekspertudvalgenes arbejde.
Ministerrådsmøder
Hvor rådsarbejdsgrupperne klargør sagerne på teknisk niveau til Ministerrådet, går sagernes politiske spørgsmål videre til drøftelse i COREPER. Som forberedelse til ministerrådsmøderne drøfter embedsmændene i COREPER punkterne på dagsordenen, som kommer i form af forslag og udkast til retsakter fra Kommissionen. Kan embedsmændene ikke nå til enighed i drøftelserne forud for Rådsmødet, går sagen videre til Ministerrådet.
Dagsordenen for ministerrådsmøderne udarbejdes under hensyn til arbejdet i COREPER. Er der opnået enighed i COREPER, optages punktet på ministerrådsmødets dagsorden under del A og kan godkendes af Ministerrådet uden videre debat. Fører drøftelserne i COREPER ikke til enighed, optages punktet som del B på ministerrådsmødets dagsorden og kræver en debat. Det er formandskabet, der konstaterer medlemslandenes holdning, og om der er et kvalificeret flertal for et forslag.
COREPER har en central plads i EU's beslutningssystem med beføjelser, der angår alle Ministerrådets sagsområder bortset fra EU's fælles landbrugspolitik, CAP (Common Agricultural Policy). Sagsområder indenfor CAP hører til under Specialkomitéen for Landbrug (CSA). Sager på Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeris område, som ikke er underlagt CAP og vedrører fødevare, veterinærpolitik og plantesundhed, behandles i COREPER.
Fælles for COREPER og CSA er, at de to organer udgør det sidste formelle forhandlingsniveau, inden sagen sættes på dagsordenen for et Ministerrådsmøde.
Specialkomitéen for Landbrug
Specialkomitéen for Landbrug, Comité Spécial Agriculture (CSA), arbejder inden for et afgrænset område med udgangspunkt i EU's fælles landbrugspolitik. Specialkomitéen forbereder rådsmøderne med EU-landenes ministre for landbrug. Organet består af embedsmænd fra alle EU's medlemslande, og til møderne er også Kommissionen tilstede.
Landbrugsstyrelsen deltager normalt ikke i CSA’s møder, der afholdes 2-4 gange om måneden. Er der behov for særlig viden, bliver styrelsen nogle gange bedt om at deltage.
LBSTs arbejde består i at lave udkast til instruks til møderne og servicere departementet.
CSA har ligesom COREPER en central plads i EU's beslutningssystem. Afstemning i CSA foregår som i COREPER. På initiativ fra EU-formandskabet, kan behandling af nye sager starte i CSA.