I Danmark er det Landbrugsstyrelsen og Fødevarestyrelsen, der udsteder godkendelse til økologisk produktion og kontrollerer, at økologireglerne overholdes. Primærproducenterne og dens forsyningsvirksomheder kontrolleres af Landbrugsstyrelsen.
Fødevarevirksomhederne bliver kontrolleret af Fødevarestyrelsens fødevareregioner.
Kontrol af økologicertificerede forsyningsvirksomheder
Det er Landbrugsstyrelsen, der godkender og kontrollerer de økologicertificerede forsyningsvirksomheder. Der gennemføres mindst ét og tit to kontrolbesøg pr. år. Ved det ene besøg gennemgås forsyningsvirksomhedens bogføring af økologiske rå- og færdigvarer. Ved det andet besøg gennemgås produktionsanlægget og produktionen af økologiske produkter.
Kontrollen foretages fra Landbrugsstyrelsens afdelingskontorer, mens sagsbehandlingen af eventuelle overtrædelser sker i Jordbrugskontrol, Team Økologiadministration.