Udover den ovenfor nævnte kontrol udfører Landbrugsstyrelsen også en kontrol af arealtilskud til økologisk jordbrugsproduktion. Landbrugsstyrelsen, EU & Landbrug, Miljø & Biodiversitet administrerer ordningen for tilskud til økologisk jordbrugsproduktion. Den fysiske kontrol foretages fra Landbrugsstyrelsens afdelingskontorer.
Sagsbehandlingen af eventuelle overtrædelser foretages i Landbrugsstyrelsen, EU & Landbrug, Miljø & Biodiversitet, der også er ansvarlig for udbetaling af tilskuddet, regeludvikling og information i forbindelse med ordningen.