Den danske plantesundhedsmyndighed blev etableret i 1913, som et samspil mellem Landbrugsministeriet, Den Kgl. Veterinær- og Landbohøjskole, Statens Planteavlsudvalg og Statens Plantepatologiske Forsøg.

Myndigheden blev hovedsageligt oprettet, for at Danmark kunne stille garantier om, at danske planter var sunde, inden de skulle eksporteres til andre lande i verden. Dette skulle ske ved udstedelse af plantesundhedscertifikater, som også i dag udgør en hjørnesten i den danske plantesundhedsmyndighed.

I første omgang drejede det sig om eksport af planteskoleplanter og kartofler til USA. ”De Nordamerikanske Fristater”, som USA hed dengang, havde nemlig lukket for importen af oversøiske planter. Amerikanerne havde erkendt, at udenlandske planter kunne medbringe plantesygdomme og skadedyr, som udgjorde en trussel mod den amerikanske natur.

Mange andre lande fulgte hurtigt efter, og lukkede også deres grænser for import af planter. De danske gartnerier og planteskoler blev presset og ønskede en løsning. Dermed blev grundstenen lagt til oprettelse af ”Landbrugsministeriets Tilsyn med Planteskoler og Planteskoleartikler”, som myndigheden hed dengang. I 1946 skiftede myndigheden navn til ”Statens Plantetilsyn”, og i 1990 blev myndigheden til en myndighed i myndigheden, som den også er i dag, da den blev integreret i Plantedirektoratet.

Lige siden myndigheden blev oprettet havde plantesundhedsmyndighedens laboratorium for diagnostik været en integreret del af myndighedens arbejde. I 2011 da Plantedirektoratet blev fusioneret med Fiskeridirektoratet og FødevareErhverv, hvorved NaturErhvervstyrelsen blev dannet, overgik det diagnostiske laboratorium til Fødevarestyrelsen, hvor det stadig ligger i dag. NaturErhvervstyrelsen er sidenhen blevet omdøbt til Landbrugs- og Fiskeristyrelsen og senere til Landbrugsstyrelsen, hvor plantesundhedsmyndigheden ligger i dag.